名古屋大学学術データポリシーと関連するその他のポリシーが対立していた時はどうしたらいいでしょうか

科研費等の基準のほうが本学の学術データポリシーに優先するとお考えください。
また、学術データポリシーでは、データを公開するかどうか決める主体は研究者本人となっておりますので、共同研究者が所属する他の機関のポリシーと対立したり、他の共著者等が公開に同意しないときは、そちらに従っていただいてかまいません。
参考：名古屋大学学術データポリシー